与动物福利相关的多数认证主要针对动物运输情况，以及欧洲议会针对农场动物颁布的相关法令的执行情况。针对动物运输，相关部门将会审查执行环节，以确认最佳运输操作方式，并重点关注部分地区性的问题，以切实改善运输中的动物福利。此外有关部门还在计划针对蛋鸡和母猪限位栏等问题展开认证。
2013年，64%的认证将会在欧盟成员国境内开展，5%将在欧盟候选国开展，其余31%将在第三方国家进行。在欧盟成员国展开的认证工作中，大约有10%与各成员国的进口控制体系相关，而总体上看，涉及认证第三方国家饲料、食品、种植物以及动物出口的内容占到整个项目的43%。
同时，欧盟食品与兽医办公室（FVO）将会在2013年制定一系列新的紧急预案，以防类似2011年德国大肠杆菌疫情暴发的事件再次发生。
