我国南方地区江河纵横、水网密布、水禽资源丰富，其中国家级水禽保护品种有18个，分别是：北京鸭、高邮鸭、绍兴鸭、攸县麻鸭、连成白鸭、金定鸭、莆田黑鸭、建昌鸭、伊犁鹅、豁眼鹅、皖西白鹅、狮头鹅、乌鬃鹅、兴国灰鹅、酃县白鹅、太湖鹅、雁鹅、四川白鹅，以上除了北京鸭、伊犁鹅、豁眼鹅等少数品种外，其余都分布在长江流域及长江以南地区。
以上品种建有国家级保种场的分别是：北京鸭、高邮鸭、绍兴鸭、攸县麻鸭、连成白鸭、豁眼鹅、狮头鹅、乌鬃鹅、兴国灰鹅、酃县白鹅、四川白鹅、太湖鹅、皖西白鹅。在南方地区众多水禽品种资源中，到目前为止，仍有不少资源还没有保种场，例如：中山麻鸭、靖西大麻鸭、广西小庥鸭、四川麻鸭、云南麻鸭、枞阳煤鸭、建水黄褐鸭、溆浦鹅、广丰白翎鹅、丰城灰鹅、钢鹅、定安鹅、云南鹅等。
新鉴定的水禽遗传资源有龙胜翠鸭、融水香鸭、枞阳媒鸭、麻旺鸭、吉安红毛鸭、建水黄褐鸭、道州灰鹅、定安鹅、平坝灰鹅、云南鹅、缙云麻鸭，大部分也分布在南方地区。由此可见，南方地区(含长江流域)是我国水禽资源最为丰富的地区。
扬州大学陈国宏教授指出，今后要针对南方地区特有的气候条件、消费习惯以及固有的水禽生产优势，进行针对性的开发利用。总体思路是：培育具有市场竞争力的水禽品种或配套系，建立以企业为主体、以科研院所为技术依托的水禽良种繁育体系，保护濒临灭绝或群体迅速缩小的地方水禽品种，逐步开展水禽品种的生产性能测定，为开发利用水禽品种提供有价值的参考数据。
注重纯种的保护
由于近些年来农户散养或者弃养，导致一些地方品种逐渐被培育品种或杂交品种取代，外貌体型、羽色及生产性能等方面参差不齐的现象较为严重。要采用科学选种选配和繁育方法，防止近亲交配和盲目杂交，同时建立保种场(保种区)，严格限制保种区内的外来品种流入，加大对保种区饲养户的扶持力度。
抗热应激肉鸭品系的选育
环境应激因素(温度、声响、陌生物等)对鸭的生长发育有直接影响，会引起不同程度的神经紧张、内分泌失调，吃食、喝水、运动等行为反常，并引起新陈代谢紊乱，从而导致生产性能降低。对于旱地设小水池的圈养，在南方夏季高温造成的热应激对肉鸭的繁殖性能会产生严重影响，故选育抗热应激肉鸭品种(系)非常重要。
优质高产肉鸭品系的选育
充分发挥北京鸭生长发育快、育肥性能好的优点和番鸭体重大、瘦肉率高的特性，以及麻鸭产蛋多、耗料省、抗病力强、适应性广的特点，利用北京鸭、番鸭及麻鸭进行杂交，选育出优质高产肉鸭新品系，进行大规模生产。
烤鹅专用型灰鹅新品系的选育
可以模仿烤炙型北京鸭配套系育种思路，开发烤鹅专用型肉鹅新品系，满足南方地区特有消费群体的需要。
番鸭、半番鸭新品系的选育
番鸭方面，重点开展全白羽番鸭品系的选育，进行性别控制技术的研究以及人工授精技术的优化。对于半番鸭，重点开展白羽半番鸭母本的选育，进行三元甚至四元杂交。
高产抗逆青壳蛋鸭品系的选育
根据消费者对青壳鸭蛋的特殊需求，可培育高产、早熟、高饲料转化效率、抗逆、青壳的专门化蛋鸭新品系。
目前国内已经培育成功的水禽新品种(配套系)有2型北京鸭、南口1号北京鸭、三水白鸭、仙湖肉鸭、扬州鹅、天府肉鹅、苏邮I号蛋鸭，这些品种大多数位于南方地区：仙湖肉鸭由佛山科学技术学院培育，三水白鸭由佛山联科畜禽良种繁育场和华南农业大学共同培育，扬州鹅由扬州大学培育，天府肉鹅由四川农业大学培育，苏邮I号蛋鸭由中国农业科学院家禽研究所和江苏高邮鸭集团共同培育。这些品种的成功培育，对于开发利用我国优良的水禽遗传资源，提高水禽生产性能，促进地区水禽经济发展，具有重要的推动作用。
研制成功一类新兽药防控疫病
“鸭传染性浆膜炎”可以说是水禽养殖场管理和生物安全措施是否到位的“指示性”或“哨兵性”疾病，如果某个鸭场不用疫苗、抗生素和抗菌药物都没有“浆膜炎”发生，其他疾病就不易发生了。但是实际情况并非如此，由于生物安全措施不到位，南方地区鸭传染性浆膜炎多发，给生产造成很大损失。针对这一现实情况，国家水禽产业技术体系免疫抑制病与新疫苗岗位科学家程安春教授带领其团队研制了《鸭传染性浆膜炎灭活疫苗》，这是国际上第一个获得政府批准用于预防鸭传染性浆膜炎的疫苗，可为该病的控制提供有效手段。
针对南方地区老的水禽病毒病出现新貌、新的水禽病毒病不断出现、水禽病毒病混合感染增多、水禽圆环病毒感染率居高等特点，福建省农科院畜牧兽医研究所开展了系统的研发工作，并且取得了重要成果。去年底，广东大华农动物保健品股份有限公司与福建省农科院畜牧兽医研究所正式签订技术转让合作协议，获国家一类新兽药“番鸭细小病毒病活疫苗及乳胶凝集试剂”技术转让，这对于有效预防番鸭细小病毒病具有重要意义。
据国家水禽产业技术体系首席科学家侯水生研究员介绍，我国水禽营养研究起步较晚，技术相对落后，特色品种肉鸭营养需要还需进一步扩展研究；可消化氨基酸数据需要深入和扩展；鹅的营养需要总体数据不足，多数品种鹅的营养需要研究尚是空白。
