根据规定，省食品药品安全监管城乡一体化经费的管理和使用，遵循“预算管理、专款专用、注重绩效”的原则。城乡一体化建设项目资金全部用于补助市县，主要用于开展食品药品安全城市、食品安全示范县创建，推进基层食品药品监管网络建设，促进监管资源城乡配置均衡化、监管服务均等化；对食品药品安全工作目标管理绩效考核先进县给予以奖代补；城乡药品（含医疗器械）不良反应监测补助；有利于促进食品药品安全监管城乡一体化建设的其他事项。
按照“公开公正、平等择优、自愿申报”的原则，各市按年申报省食品药品安全城市和食品安全示范县创建试点县、区。原则上每个设区的市可申报1个食品安全示范县创建试点，如该设区的市所辖县（市、区）数达8个或以上，可申报2个创建试点。省两部门对资金使用和管理情况进行绩效考评，并将结果作为下一年度专项资金安排、分配的重要因素。
