《实施方案》提出，以畜禽养殖废弃物无害化处理和资源化利用为重点，以沼气和生物天然气为主要处理方向，以就地就近用于农村能源和农用有机肥为主要使用方向，构建法制化管理、产业化发展、市场化经营和社会化服务的畜禽养殖废弃物资源化利用体系和种养结合、农牧循环的可持续发展新格局。
据悉，畜禽规模养殖场（户）承担环境保护的主体责任，负责建设污染防治配套设施并保持其正常运行，或者委托第三方进行畜禽养殖废弃物处理，确保畜禽废弃物实现资源化利用。若出现未依法进行环境影响评价、未建设污染防治配套设施或者自行建设的配套设施不合格、未经无害化处理直接排放畜禽养殖废弃物等违法违规行为，执法部门将依法进行查处。
《实施方案》提出，针对不同的养殖规模、畜种和现有条件因场施策，推广应用科学合理、经济有效的畜禽养殖废弃物处理方式。在源头减量上，推广干清粪、雨污分流、固液分离等技术模式，控制养殖污水产生量。在过程控制上，推广发酵床、微生物处理、环境净化控制等技术模式，减少氮磷和臭气排放。在末端利用上，推广全量收集还田、水肥一体化、能源化、基质化、清洁回用等技术模式，提升利用水平。2018至2019年，每年建设健康生态养殖示范点100处。
《实施方案》提出，支持养殖场等市场主体建设厌氧消化装置总体容量500立方米以上的大型沼气工程，在满足内部用气、用热、用电等清洁用能需求的同时，鼓励为周边农户供气、供电，促进规模养殖场用能方式新转变，实现三沼（沼气、沼液、沼渣）充分利用。支持农业生产经营主体在田间地头建沼液储液池（罐）和喷灌管网，将沼液和经无害化处理的畜禽养殖废水作为肥料科学还田使用。
