生猪养殖污染是目前漳州水环境主要污染源之一，为整治生猪养殖面源污染，漳州市经政府常务会研究同意，出台防治工作措施，在“十三五”期间，漳州要实行生猪养殖总量控制，全市生猪存栏控制在236.8万头以内，年出栏控制在370万头以内。
在病死猪处理方面，无害化处理政府将给予每头80元的补贴。到今年底，漳州全市建成12个公益性工厂化集中无害化处理场，并投入使用。2015年至2018年，以重点乡镇为单位，每年要建设5家以上工厂化集中无害化处理场，至2018年，漳州全市畜禽养殖重点乡镇全部实现病死畜禽工厂化集中无害化处理；至2016年底，漳州全市基本实现病死猪无害化处理和补贴政策全覆盖。
漳州市政府要求，在今年年6月底前，全市各县（市、区、开发区）完成禁养区、禁建区、适度可养区范围的划定工作，编制出台或修订《畜牧业发展规划》《畜禽养殖污染防治规划》。
至2016年底前，漳州要全面完成存栏5000头以上生猪规模养殖场标准化改造，至2018年全面完成禁养区外存栏250头以上的生猪规模养殖场的标准化改造，并实现达标排放或零排放。对养殖场改造，政府还将建立激励机制，存栏250~1500头生猪规模养殖场标准化改造，每个养殖场给予30~60万元的补助。禁养区外，能力不足或无条件改造的生猪养殖场，在2016年底前要拆除关闭。
