作为新《食品安全法》的配套规章，《食品生产许可管理办法》也于10月1日起同步实施。为了方便企业申请，新版许可办法对生产许可作了重大调整，将原有的按食品品种许可，调整为按照企业主体许可，将以前的一个企业多张证书，调整为一个企业一张证书。另外，许可证有效期也由3年延长至5年，同时取消委托加工备案，取消企业年检和年度报告制度，极大方便了企业的生产经营管理。
对消费者来说最直观的变化是，食品包装袋上“QS”标志将不再用于食品，新的食品生产许可证编号是由字母“SC”（生产首字母）加上14位阿拉伯数字组成。为加强企业的诚信管理，新版食品生产许可证书增加企业法人、社会信用代码、企业信息二维码等，此外许可证签发人、日常监管机构、日常监管人也首次打印在证书上，此举有效明确了监管人责任，实现企业、社会、政府部门共同监管机制。
值得注意的是，新版许可办法正式实施后，带有“QS”标志的食品不会从市场上立刻消失，而是会随着时间的推移慢慢退出市场，这期间市场上带有“QS”标志老包装的食品和标有新的食品生产许可证编号的食品会同时存在。
目前，海口市已正式施行新版食品生产许可管理制度，具体办事流程、申请书样式及申请材料要求可在海口市政务服务大厅市食药监局窗口或海口市食药监局食品生产监管处咨询，或者在海口市食品药品监督管理局官网“办事指南”一栏下载。
