为了依法推进行政审批制度改革和政府职能转变，加大简政放权力度，进一步激发市场、社会的创造活力，根据国务院取消和下放行政审批项目的决定，国家质检总局决定对《进境动植物检疫审批管理办法》作如下修改：
一、删去第一条中的“和《农业转基因生物安全管理条例》”。
二、将第二条第一款修改为：“本办法适用于对进出境动植物检疫法及其实施条例以及国家有关规定需要审批的进境动物（含过境动物）、动植物产品和需要特许审批的禁止进境物的检疫审批。”
三、将第四条第二款修改为：“过境动物的申请单位应当是具有独立法人资格并直接对外签订贸易合同或者协议的单位或者其代理人。”
四、将第五条第二款修改为：“过境动物在过境前，申请单位应当向国家质检总局提出申请并取得《检疫许可证》。”
五、将第十一条修改为：“国家质检总局根据审核情况，自初审机构受理申请之日起二十日内签发《检疫许可证》或者《检疫许可证申请未获批准通知单》。二十日内不能做出许可决定的，经国家质检总局负责人批准，可以延长十日，并应当将延长期限的理由告知申请单位。”
六、将第十六条修改为：“有下列情况之一的，《检疫许可证》失效、废止或者终止使用：
（一）《检疫许可证》有效期届满未延续的，国家质检总局应当依法办理注销手续；
（二）在许可范围内，分批进口、多次报检使用的，许可数量全部核销完毕的，国家质检总局应当依法办理注销手续；
（三）国家依法发布禁止有关检疫物进境的公告或者禁令后，国家质检总局可以撤回已签发的《检疫许可证》；
（四）申请单位违反检疫审批的有关规定，国家质检总局可以撤销已签发的《检疫许可证》。”
七、在附则第十八条后新增第十九条：“国家质检总局可以授权直属出入境检验检疫局对其所辖地区进境动植物检疫审批申请进行审批，签发《检疫许可证》或者出具《检疫许可证申请未获批准通知单》。”
此外，对《进境动植物检疫审批管理办法》的条文顺序作相应调整。
