按照《内蒙古自治区第三次畜禽遗传资源普查数据质量控制工作方案》和《巴彦淖尔市第三次畜禽遗传资源普查杭锦后旗实施方案》的工作要求，杭锦后旗组建数据审核工作组，从11月16日至11月18日，分3个工作组分别前往10个乡镇、太阳庙农场对已填报的畜禽遗传资源普查数据进行审核。
审核采取座谈、调阅普查资料、走访养殖户等方式，逐一核对普查行政村，确保普查区域全覆盖、品种无遗漏；逐条核对已登记的数据，确保数据真实可靠、逻辑关系正确。对核查出有异常的数据，旗级系统审核退回并要求普查员重新查验核对后再填报提交。全旗于11月底前全面完成数据的自查自审和系统上报工作。
