新修订的办法强调，县级以上人民政府应当将动物防疫体系建设、动物疫病防控与监测、动物疫病强制免疫疫苗、强制扑杀补助、基层动物防疫人员工作补助和监督管理所需经费列入本级财政预算。对重大动物疫病防控过程中强制扑杀的动物和因防控重大动物疫病实施强制免疫过程中出现应激反应导致死亡的动物，由县级以上人民政府按照国家和自治区有关规定给予补偿。发生重大动物疫情以及人畜共患传染病的，畜牧兽医、卫生、出入境检验检疫等有关部门应当及时互相通报疫情，并按照各自职责采取措施，控制、扑灭疫病。病死和死因不明的动物、动物产品应当按照国家有关规定进行无害化处理。禁止随意弃置病死和死因不明的动物、动物产品。
新修订的办法要求，动物饲养场（养殖小区）、隔离场所、屠宰加工厂（场）和动物交易场所等，应当具有符合国务院兽医主管部门规定的动物、动物产品无害化处理设施设备，对病死和死因不明的动物、动物产品进行无害化处理。科研教学单位、动物诊疗机构、小型屠宰点等不具有无害化处理设施设备的，应当将病死或者死因不明的动物、动物产品送交无害化处理公共设施运营单位处理，并承担处理费用。
为控制、扑灭动物疫病，新修订的办法要求，动物卫生监督机构应当派人在当地依法设立的现有检查站执行动物卫生监督检查任务；必要时，经自治区人民政府批准，可以在公路重要路段设立临时检查站，执行动物卫生监督检查任务。经公路运输动物、动物产品的，货主或者货物的实际管理者应当主动接受沿途的公路动物卫生监督检查站查验。公路动物卫生监督检查站应当查验运输的动物、动物产品以及《动物检疫合格证明》、检疫标志等有关证章标志，必要时对运输工具、包装物等采取消毒措施。经公路、铁路、航空运输的动物、动物产品，应当运抵动物检疫合格证明所填写的目的地，中途不得转运、销售和更换，并在到达目的地后二十四小时内，由货主或者货物的实际管理者向当地县级人民政府动物卫生监督机构报告。接到报告的动物卫生监督机构应当派人赶赴现场查验。动物、动物产品运抵目的地后，需要在县（市）行政区域内分销的，货主或者货物的实际管理者应当按照规定向购买动物、动物产品的经营者出具检疫信息追溯凭证。检疫信息追溯凭证应当载明原始有效的动物检疫合格证明号码等信息，并保证内容真实。购买动物、动物产品用于经营的，经营者应当留存检疫信息追溯凭证，以备查验。违反规定的，由县级以上人民政府动物卫生监督机构责令改正，没收违法所得，处二千元以上二万元以下罚款。
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