从控制模式上进行分类，主要有以下几种方式：
从控制方式上分有四种:
1、手动控制型：加水、升温、保温、降温等操作工序都由人工完成。所有仪表，阀门和水泵均由手动控制。操作方式对人工要求高，加工过程中受人为因素影响大。随着产品质量的提升和用工成本的增加，该操作方式已经基本被市场淘汰。
2、电气半自动控制型：锅内压力由电接点压力表控制，温度由传感器（pt100）和进口温控仪控制，温度精确度达到±1℃，降温过程需由人工操作。该操作模式可以降低用工成本，稳定产品质量和工作状态，比手动控制模式更为方便。
3、电脑半自动控制型: 微电脑控制器将采集到的压力传感器信号和温度传感器信号进行处理，根据设计工艺，自动控制压力和温度，同时可以储存多个杀菌工艺，自主选择工艺，控制精度高，精度可达±0.3℃。该操作模式已经很大程度上降低了人工的参与度，减少了更多人为因素影响产品质量的可能性。
4、电脑全自动控制型：全部过程都有PLC和触摸屏控制，可以储存杀菌工艺，所有操作工序均可按钮式操作，杀菌完毕后自动报警，降温，降压，温控精度可达±0.1℃。该操作方式基本免除人工参与，产品质量可靠，工作状态稳定，已经逐步成为市场上主要选择类型，广受客户青睐。
不同的产品应该根据其特性，选择不同的杀菌锅，才能起到最完美的杀菌效果。主要的选用原则如下：
1、主要从控温精度和热量分布均匀性上进行选择。若产品杀菌要求很严格，尤其是出口产品，热分布要求很均匀，应尽量选择电脑全自动杀菌锅。如果资金有限，可选择电脑半自动杀菌锅，它的温度控制、压力控制与电脑全自动杀菌锅相同，但是价格却是电脑全自动的二分之一。如果产品杀菌要求一般，可以选择电气半自动杀菌锅。手动杀菌锅杀菌难度高，控温和控压等都由人工完成，食品外观很难掌握，涨罐（袋）和破损率高。
2、若产品是含气包装或者产品外观要求比较严格，则应选择电脑全自动或电脑半自动杀菌锅,能够有限保护产品的外部形状.
3、若产品是玻璃瓶或马口铁类包装，则需要要求杀菌锅能够有效控制升温和降温速度，所以尽量不选择双层杀菌锅。
4、若从节约能源方面考虑，可选择双层杀菌锅，其上层罐是热水罐，下层罐是工作罐，上罐的热水可重复利用，可节约大量用水，适合每天产量超过10吨产品的生产企业。
5、若是生产产量较小或没有锅炉的生产企业，则考虑采用电汽两用杀菌锅，其原理是蒸汽由下罐电加热产生，上罐灭菌。
6、若产品的粘稠度较高，在杀菌过程中,则产品需要旋转，则可以选择旋转式杀菌锅。
