生物性危害主要指生物（尤其是微生物）本身及其代谢产物（如毒素）对食品原料、加工过程、储运、销售直到使用中的污染，危害人体健康。按生物的种类有以下几种危害：
1)病原性微生物：即致病菌，例如肉及肉制品中严格控制的沙门氏菌、单核细胞增生李斯特氏菌、金黄色葡萄球菌、牛肉产品需要控制大肠埃希氏菌O157:H7；
2)病毒：例如疯牛病病毒、禽流感病毒、猪蓝耳病毒；
3)寄生虫：例如裂头绦虫、猪肉绦虫等。
微生物是非常小的生物，是一切肉眼看不见或看不清的微小生物，个体微小，结构简单，通常要用光学显微镜和电子显微镜才能看清楚的生物，微生物包括细菌、病毒、霉菌、酵母菌等（但有些微生物是肉眼可以看见的，像属于真菌的蘑菇、灵芝等）。微生物一般个体微小，一般<0.1mm， 构造简单，有单细胞的、简单多细胞的、非细胞的。进化地位低，大多依靠有机物维持生命。它广泛地存在于空气、土壤、尘埃、水、动植物中，在周围到处都有，比如人的毛发、皮肤、肠胃道、呼吸道等都有微生物。但并不是所有的微生物都是有害的，许多微生物都是有益的如：生产啤酒发酵所用的酵母，发酵酸奶所用的链球菌、乳杆菌，发酵香肠用的乳酸菌、葡萄球菌等。但可以产生危害的微生物即致病性微生物是人类食源性疾病的重要原因，在公共卫生方面具有重要的意义，也是食品安全所要关注的。
病原性微生物对人体健康的伤害包括中毒型、感染型和中毒性感染。感染型主要是指食品上带有病原性的微生物，人吃了后，致病菌停留在人体内生长繁殖，人会产生恶心、呕吐、腹痛、拉肚子等症状。这种感染是由于微生物（致病菌）本身所导致的。这种感染型一般潜伏期较长，如沙门氏菌的感染。中毒型对人体健康的伤害指某些特定的微生物在食品中生长并产生毒素，随着食品被人类吃了后进入人体，由于毒素的作用对人产生了危害造成了食源性中毒，如葡萄球菌食物中毒。这类中毒型潜伏期比感染型短，出现症状快。中毒性感染是指以上两种的结合，食源性微生物本身没有侵袭性，但在人体肠道内生长繁殖产生毒素，引起中毒。中毒性感染的发病时间比感染型短，比中毒型长。
温度是影响微生物生长繁殖重要的外部因素，病原性微生物可在0-90℃温度范围中生长，但是根据其生长对温度的需要可以分为嗜热菌、嗜温菌、嗜冷菌。嗜热菌可生长的温度为43-90℃，最适生长温度为55℃；嗜温菌可生长的温度为10-43℃，最适生长温度为36.5℃；嗜冷菌可生长的温度为0-30℃，最适生长温度为≤20℃，与肉及肉制品有关的细菌大部分为嗜温菌，最适生长温度接近人体温度。霉菌能够在较广的pH、渗透压和营养物质条件下生长，其适应的温度和酸度的范围较细菌广。而芽孢杆菌属和梭状芽胞杆菌属是属于嗜温菌的，在高温加热的酱卤肉制品及肉制品罐头中受到重视。
相对湿度在肉及肉制品生产过程中也是需要控制的重要因素，因为微生物在生长过程中是需要水分的，在建造生产厂房时要考虑通风，地面、墙面应平整、不积水。湿度和温度存在相互拮抗的关系，即温度越高，相对湿度就越低，反之也是如此。环境的相对湿度与食品中的含水量也存在相互的平衡关系。例如，在相对湿度较高的环境中，存放含水量较低的食品，其水活度就会上升。
氧气也是影响微生物生长的重要因素。有些病原微生物生长需要一定的氧气环境。根据对氧气的需求不同分为嗜氧菌、厌氧菌、兼性厌氧菌和微嗜氧菌。嗜氧菌只能在有氧的环境中生长，厌氧菌只能在无氧的环境中生长，兼性厌氧菌无论有氧、无氧的环境中都能生长，微嗜氧菌只能在低氧的环境中生长，大多数致病性微生物均为兼性厌氧菌。另外，环境的气体及其浓度也影响着微生物的生长和繁殖。例如，肉制品很多为抽真空包装也有肉罐头包装，这样的包装环境是缺氧的，好氧微生物不能存在，而肉毒梭状芽孢杆菌则能够存在。不同气体及浓度也影响到微生物的存在。例如，在二氧化碳浓度高达10%的环境中贮藏水果和蔬菜，可以延长其保质期，特别是在低温环境下这种效果更佳明显。
肉制品本身的内部因素也是重要的治病微生物繁殖的因素，例如含水量、pH、营养成分、氧化还原电位（Eh）、渗透压。一般来说，含水量多的食品，微生物容易生长，水分少的食品，微生物不容易生长。食品中微生物能利用的水分只能是游离水。食品中的游离水常用水分活度表示（Aw），减少有效水分的含量可以降低微生物的繁殖速度，0.85的水分活度被认为是病原微生物生长的安全界限。不同的微生物对水分活度的要求也不尽相同，细菌对水分活度的要求是最高的，霉菌要求的水分活度最低，酵母菌处于一般状态。大多数细菌在低于0.9以下就无法生长，霉菌在低于0.8时也能生长。也有例外，金黄色葡萄球菌在水分活度低于0.83时还能够生长，而肉毒梭状芽孢杆菌在低于0.94时就不能生长。腊肉就是利用降低肉的水分活度达到保藏食品的目的。pH值是制约腐败微生物变质的重要因素。pH值4.6可以抑制病原菌的生长和毒素的产生，已经证实大多数微生物在pH4.0-8.5均可以生长，pH在6.6-7.5时生长最好，低于5.2时微生物的生长速度明显低于正常的生长速度，也有少数微生物在pH4.0以下也能够生长，如乳酸菌和霉菌。肉及肉制品大多数的pH值高于4.6，低于7，水分活度在0.85以上，均为低酸性食品。肉及肉制品含有丰富的营养物质，蛋白质、脂肪、碳水化合物、无机盐和维生素。大多数微生物能够利用糖、醇和氨基酸作为能源，少数微生物利用淀粉和纤维素这些分子量大的碳水化合物作为能源，脂肪只有被很少的致病菌所利用。抑制剂是针对肉制品而言的，例如加入的盐、糖、山梨酸钾等，这些添加剂均起到了干扰或抑制微生物的作用，有的肉制品是通过发酵，例如萨拉米，通过发酵后的产物或接种的优势菌所产生的有利地位来抑制其他致病菌的生长。
病毒也是到处存在的，比细菌更小，污染到食品中的病毒不繁殖，也不能在食品中生长，不会对食品产生腐败作用，但在寄主细胞内利用其得到的材料进行复制，同时引起被感染的细胞的病变。病毒在污染的冷冻食品中和水中存活达数月以上。病毒可以引起的食源性疾病分为病毒性肠炎和病毒性肝炎。病毒来源于动植物生长环境中感染了病毒，如蛤、蚝和贝类在污染的水域中吸收了病毒。如1987年爆发的上海甲肝病毒，造成30万人患甲型肝炎病毒；原料动物病毒，例如生产肉制品的原料牛肉患了疯牛病；食品加工人员患有病毒，如甲肝病毒；肉制品生产中生熟不分或人员不注意卫生，造成了病毒的原料污染了半成品或成品。
寄生虫是需要宿主才能存活的生物，通常寄生在宿主的体表或体内。对大多数食品寄生虫而言，食品是他们自然生命循环的一个环节，如鱼肉中的线虫。寄生虫能通过多种途径污染食品和水，如：通过寄主排泄的粪便污染了水；经口进入人体，引起人的食源性寄生虫病的发生和流行；特别是可以在人和脊椎动物之间自然传播和感染人兽共患寄生虫病；它对人体的危害除了有病原体引起的疾病外，有的寄生虫还可以作为传播媒介引起疾病的传播。
