在TTIP协议中，食品与农业环节的"非关税壁垒"包括：美国因欧洲疯牛病的蔓延禁止进口含有反刍动物原料的饲料，而欧盟则禁止使用氯、磷酸三钠和次溴酸等化学物质处理肉类，抵制转基因作物以及禁止使用莱克多巴胺等生长激素等方面。
公民权利团体已经筛选出一些规定，比如美国禁止进口含有反刍动物成分的饲料，因为这与疯牛病的传播有关，以及欧盟关于化学品的规定。欧盟禁止农民使用氯、磷酸三钠和次溴酸等处理肉，而美国用这些化学品来为屠宰后的禽肉消毒。对美国使用转基因和生长激素也有类似担忧，比如在肉猪上使用莱克多巴胺。
12月份，农民与农业合作社主席Pesonen曾警告这将给美国生产者带来 "竞争性优势".欧盟首席谈判代表Bercero称食品安全标准是不可谈判的，称禁止激素，对转基因有严格的制度，不会偏离，以缓解担忧。
上周，美国议员对欧委会坚持包括奶酪、葡萄酒以及美国生产的产品的地理标志立场表示震惊。在欧盟，地理标志是用来保护产品遗产和产地收入的方式。
