有机食品同普通类似，从田间到餐桌均需经历多道工序，无法完全回避环境的影响，即使在种植、养殖期间也会因为空气、土壤和水的变化受到影响。举个简单的例子，大家都知道北京的雾霾天气很严重，北京的有机生态农场同样在PM2.5超标的雾霾中，其生长必然受到影响。多种因素导致有机食品推崇的“零污染”不太可能成为绝对，“零污染”的标签甚至会成为其不可承受之重。
食品安全问题从早期的农药超标、食品添加剂超标到最近的各种人造问题食品已经给社会大众带来了严重恐慌。而有机食品、绿色食品、无公害食品等打出的安全口号，由于生产环境的限制和拒绝有效的化学物质管理，实际上也没那么安全，很多因食用天然野生食物中毒事件已证明这一点。可见，食品安全问题，不仅产生在源头，亦产生在食品生产运输过程中。食品安全问题是关系国计民生的大事，解决食安问题，不能仅仅以类似“有机食品”这样的营销概念来保证人们对食安要求的心理防线，而必须通过实际行动来杜绝食品安全问题。
一方面，在食物生长期间应合理利用科学技术。人们认为使用天然肥料种植的蔬菜瓜果是绿色健康的，却忽略了天然肥料中细菌存活率很高的事实，而适量的化学药物杀菌才不至引发疾病；另一方面，即在食品生产加工直至到达餐桌过程中，是否进行了科学有效的安全检测，是否确认了食物入口前是安全的，这就需要政府监管、企业自律、社会共治。
