新版《食品生产许可证》主要有四大改变，一是实行“一企一证”，对每一家符合条件的食品生产企业发放一张食品生产许可证，生产多类别食品的，在生产许可证副本中予以注明。二是调整许可证书有效期限。许可证书有效期由3年限延长至5年。三是调整现场核查内容。大幅减少了需要现场核查的事项。四是调整审批权限。除婴幼儿配方乳粉、特殊医学用途食品、保健食品等重点食品原则上由省级食品药品监督管理部门组织生产许可审查外，其余食品的生产许可审批权限可以下放到市、县级食品药品监督管理部门。
《食品经营许可证》将食品流通许可与餐饮服务许可两个许可整合为食品经营许可，减少许可数量，原食品流通、餐饮服务许可证有效期未届满的继续有效；食品经营者在原食品流通、餐饮服务许可证有效期内申请更换为食品经营许可证的，许可机关将按照有关规定予以更换；原食品流通、餐饮服务许可证有效期届满，由原发证机关予以注销。
