屠宰检疫不完善
动物疫病是影响肉品安全的源头，待宰的肉牛可能携带人畜共患传染病、病毒（胸膜肺炎、结核病）、寄生虫等，且活畜在整个饲养过程中可能进行治疗用药、预防用药以及非法用药，造成药物残留超过标准，这些都会影响牛肉品质安全，会对人体造成伤害，这就使得屠宰检疫显得尤为重要。目前，我国一些屠宰场虽然设有检疫这一环节，但受工厂规模和资金投入等的影响，使得检疫设备不完善，检疫操作程序没有完全实施到位，不能达到预期的效果，这就在源头上埋下了肉品安全隐患。
有害激素的影响
在装卸、驱使、宰杀肉牛时都涉及到驱赶牛。由于少数工人动作粗暴、殴打牛只，造成了肉牛皮肤淤血损伤、内脏受伤、骨骼断裂，使牛受到严重惊吓，这都会直接影响牛肉的品质，也就无法保证牛肉的安全。肉牛看到同类被粗鲁的宰杀，牛血、牛头满地都是，以及牛在濒死前的凄惨叫声，会产生极大的恐惧，大量分泌各种有害激素，也同样会影响肉品品质。
温度控制不当
在去骨、分割、包装过程中，温度对肉制品的影响十分明显。肉品在储存和运输过程中需要防止的是环境温度过高或过低：温度过高会导致微生物大量繁殖，缩短产品的保质期；过低则会使肉品的微观结构产生变化、影响牛肉的口感。
