近年来，红河州不断加大畜禽品种资源保护力度，畜禽遗传资源多样性优势进一步显现，为发展特色高原畜牧业奠定了基础。目前，全州共有20个畜禽遗传资源，畜禽遗传资源数量位居云南省首位，其中：禽遗传资源9个（建水黄褐鸭、云南麻鸭、大围山微型鸡、蒙自斗鸡、金平大种鸡、云南红鸡、泸西阿峨鸡、红河番鸭、红河灰鹅），牛遗传资源2个（滇东南水牛、云南黄牛），羊遗传资源4个（石屏青绵羊、弥勒红骨山羊、红河绵羊、云岭黑山羊），猪遗传资源2个（滇南小耳猪、大河猪），马、驴遗传资源3个（红河马、云南矮马、红河驴）。石屏青绵羊、弥勒红骨山羊、大围山微型鸡、建水黄褐鸭、云南矮马5个畜禽遗传资源已被列为云南省畜禽遗传资源保护品种，及被列入了《国家畜禽遗传资源目录》，进入目录数量居云南省首位。
