征求意见稿旨在规范食品药品监督管理部门行使行政处罚权，保护公民、法人和其他组织的合法权益。根据《中华人民共和国行政处罚法》、《中华人民共和国行政强制法》、《中华人民共和国食品安全法》、《中华人民共和国药品管理法》及其他有关法律、行政法规制定。
征求意见稿对食品药品监督管理部门办理行政处罚案件的地域管辖做出规定，国家食品药品监督管理总局依职权管辖全国范围内有重大影响的食品药品行政处罚案件。省、自治区、直辖市人民政府食品药品监督管理部门管辖本辖区内重大、复杂的食品药品行政处罚案件。县级以上食品药品监督管理部门管辖本辖区内的食品药品行政处罚案件。
征求意见稿指出，食品药品监督管理部门对在监督检查中发现的，检验机构检验发现，公民、法人及其他组织投诉、申诉和举报的以及上级交办的、下级报请查处的、有关部门移送的或者其他方式、途径披露的涉案举报线索及交办、报送的案件应当及时处理。其中，发现有明确的违法嫌疑人、有客观的违法事实、属于食品药品监督管理行政处罚的范围内及属于本部门管辖的违法行为的，应当在７个工作日内立案。
征求意见稿规定，食品药品监督管理部门在作出处罚决定前应当填写《行政处罚事先告知书》，告知当事人违法事实、处罚的理由和依据以及当事人依法享有的陈述、申辩权。不得因当事人申辩而加重处罚。
此外，征求意见稿还对食品药品监督管理部门建立行政处罚监督制度提出了具体要求。
