我国是畜牧业大国，随着畜禽养殖规模不断扩大，畜禽粪便、污水等养殖废弃物的产生量也迅速增加，畜禽养殖污染已成为我国农业污染首要来源。
条例从规划入手，要求县级以上人民政府有关主管部门编制畜牧业发展规划和畜禽养殖污染防治规划，规定畜牧业发展规划应当统筹考虑环境承载能力以及畜禽养殖污染防治要求，合理布局，科学确定畜禽养殖的品种、规模、总量；畜禽养殖污染防治规划应当统筹考虑生产布局，明确污染防治目标、任务、重点区域、设施建设及防治措施。
对污染严重的畜禽养殖密集区域，条例明确，市、县人民政府应当制定综合整治方案，采取组织建设畜禽养殖废弃物综合利用和无害化处理设施、有计划搬迁或者关闭畜禽养殖场所等措施，对畜禽养殖污染进行治理。
条例要求，畜禽养殖场、养殖小区应当根据养殖规模和污染防治需要，建设相应的畜禽粪便、雨污分流设施，畜禽粪便、污水贮存设施，有机肥加工、制取沼气、沼渣沼液分离和输送、污水处理、畜禽尸体处理等综合利用和无害化处理设施。但已经委托他人进行综合利用和无害化处理的，可以不自行建设。
条例对畜禽养殖废弃物排放作出了严格规定，要求向环境排放经过处理的畜禽养殖废弃物，应当符合国家和地方规定的污染物排放标准和总量控制指标。畜禽养殖废弃物未经处理，不得直接向环境排放。染疫畜禽以及染疫畜禽排泄物、病死或者死因不明的畜禽尸体等病害畜禽养殖废弃物，应当按照规定进行深埋、化制、焚烧等无害化处理。
条例鼓励对畜禽养殖废弃物进行综合利用，规定利用畜禽养殖废弃物进行沼气发电的，依法享受国家规定的上网电价优惠政策。利用畜禽养殖废弃物制取沼气、天然气的，依法享受新能源优惠政策。
条例对在饮用水水源保护区建设畜禽养殖场、养殖小区，排放畜禽养殖废弃物不符合国家或者地方规定的污染物排放标准或者总量控制指标，或者未经无害化处理直接向环境排放畜禽养殖废弃物等违法违规行为，明确了处罚措施。
条例还规定了各级政府环境保护、农牧等有关部门未按规定履行职责的法律责任。
