督查组重点检查了企业驻场检疫人员的到岗到位、动物检疫清理整顿工作开展情况、“瘦肉精”监督抽检与企业自检，屠宰收购、宰前检疫，电子联网出证，动物产品免疫标识的使用，消毒、无害化处理监管、耳标回收及销毁记录记载等相关工作开展情况。
通过检查，发现还存在对个别未经产地检疫的动物或未持有检疫合格证明的货主，只实施了补检，未严格按照《动物防疫法》相关规定给予处罚。“瘦肉精”检测未严格按照《四川省生猪流通环节“瘦肉精”监督管理工作规范（暂行）》的规定，按比例和批次进行“瘦肉精”监督抽检。省内检疫证明电子联网出证工作执行不力，回收的检疫证明、补检出证和企业屠宰检疫出证，仍然存在手写出证的现象。屠宰检疫存在记录不全、不规范等问题。
最后，督查组要求各屠宰加工企业驻场检疫人员，要熟练操作电子检疫联网出证系统，严格落实屠宰环节“瘦肉精”监督抽检和企业自检制度，对入场动物严格查证验物，对无产地检疫证明、耳标和证物不符的要严格按照相关法规进行处罚，规范屠宰检疫相关监管记录记载。
